《洞洞杂货铺》是一部奇幻治愈漫画，城市角落的“洞洞杂货铺”由一只会说话的灰猫看守，它自称“掌柜”。失忆少年阿树被灰猫捡回铺子，白天帮忙整理稀奇古怪的货物，晚上铺子就会变成连接思念之地的通道。顾客们带着各自的遗憾前来——无法见到的亲人、说不出口的道歉、错过的约定。阿树在帮助别人的过程中，无意间触碰了一面古镜，镜中竟映出他失去记忆前的身影。灰猫告诉他，这间铺子存在的意义，就是帮迷路的人找回属于自己的“归处”。
阿树在公园长椅上醒来，灰猫叼着一片树叶放在他手心，随后带他钻进窄巷，铺子的大门无声敞开。
一位老奶奶来买“能装下眼泪的瓶子”，阿树帮她收集了对已故老伴的思念，瓶子在月光下化为星辰。
少年在铺子里买了空信封，写下给父亲的信，第二天父亲竟主动打来电话，两人在电话两头泣不成声。
阿树擦古镜时，镜中出现了他穿着校服的画面，灰猫神色一变，用尾巴把镜子盖住，说“时候未到”。
一位旅行者误入铺子，买了一张“永远回不去的车票”，却在次日收到故乡发来的老照片，泪流满面。
阿树发现灰猫每晚都会对着月亮低语，原来它也在等一个人，而那个人正是阿树遗忘的最重要的人。